(1) Lambang HIMAFI dibentuk dari lingkaran berwarna dasar hijau dan emas dibagian bawahnya. Dibagian dalam lingkaran terdapat lintasan 3 (tiga) atom, 5 (lima) bintang. buku dan pulpen.

(2) Lambang berbentuk lingkaran artinya keilmuan di bidang sains. Warna dasar hijau berarti Agama Islam. Warna emas sebagai kejayaan di bidang sains. 5 bintang melambangkan rukun Islam. 3 atom melambangkan Tri Dharma Perguruan Tinggi. Serta buku dan pulpen melambangkan Ilmu Pengetahuan.

Filosofi Logo

Mahkota: Merak yang terdiri dari 3 elemen bulat melambangkan tri dharma perguruan tinggi yaitu, melambangkan penelitian dan pengembangan, pendidikan dan pengajaran, dan pengabdian kepada masyarakat.

Badan merak: melambangkan Badan Pengurus Harian yang menjadi garda terdepan sebagai sistem atas pengelolaan dan operasional dari HIMAFI

Bulu: yang berjumlah 12 itu menggambarkan departemen dan stakeholders yang ada di HIMAFI berkaitan satu sama lain

3 Atom Fisika: melambangkan misi HIMAFI UIN Jakarta Kabinet Mayurachakra untuk mewujudkan segala karya berbasis dengan keilmuan yang bermanfaat.

Filosofi Warna

Warna biru: artinya kepercayaan dan stabilitas. Mencerminkan dedikasi kabinet dalam memberikan pelayanan yang konsisten.

Warna kuning: artinya simbol energi, optimisme, dan kreativitas yang mencerminkan semangat inovatif dan kolaboratif dalam organisasi.

Warna hijau: melambangkan pertumbuhan, harmoni, dan harapan. Mewakili semangat pembaruan dan keseimbangan dalam setiap langkah kabinet menuju kemajuan yang berkelanjutan.